Estate 1983, tra le province di Brescia e Bergamo, Elio Perlman, un diciassettene italoamericano di origine ebraica, vive con i genitori nella loro villa del XVII secolo. Un giorno li raggiunge Oliver, uno studente ventiquattrenne che sta lavorando al dottorato con il padre di Elio, docente universitario. Elio viene immediatamente attratto da questa presenza che si trasformerà in un rapporto che cambierà profondamente la vita del ragazzo.

Un gruppo di scimmie antropoidi, che segnano il principio della civiltà umana, trova un monolite. Vi si accostano diffidenti, poi lo toccano con singolare rispetto e qualcosa accade in loro: si accorgono per la prima volta che un osso abbandonato può diventare una clava, uno strumento utile. Si è accesa la scintilla dell'intelligenza. Nell'anno 2001, sulla Luna, un gruppo di esploratori trova un identico monolite, che denuncia un'anzianità di quattro milioni di anni e che genera attorno a sé un forte campo magnetico.